我国从上世纪50年代起就开始进行“三废”治理工作。在2008年以前，制药行业没有全国统一的排污标准，执行的是1996版的《污水综合排放标准》。2008年8月1日，国家环保部发布的《制药工业水污染物排放标准》（以下简称《标准》）正式实施。这是国家首个专门针对制药工业废水排放发布的环境新标准。按照《标准》要求，原料药行业的废水排放标准更严，企业排水若不达标则面临停产整顿。
  同时，《标准》细分为发酵类、化学合成类、提取类、中药类、生物工程类、混装制剂类等类别，并分别制定了标准，同时将启用“单位产品基准排水量”的概念检测企业排放的废水是否达标。生物药和原料药排污标准较以往有很大提高，水污染物排放限值也更为严格，其主要指标均严于美国标准。发酵类企业的COD、BOD和总氰化物排放要求与最严格的欧盟标准相接近，其中COD排放标准由首次征求意见时的150毫克/升，降到了120毫克/升，而更早之前《污水综合排放标准》的限值则为300毫克/升。经过两年过渡期，从2010年7月1日所有制药企业均按照《标准》执行。
  具体标准见：GB21903-2008  发酵类制药工业水污染物排放标准点击下载
        GB21904-2008  化学合成类制药工业水污染物排放标准点击下载
        GB21905-2008  提取类制药工业水污染物排放标准点击下载
        GB21906-2008  中药类制药工业水污染物排放标准点击下载
        GB21907-2008  生物工程类制药工业水污染物排放标准点击下载
        GB21908-2008  混装制剂类制药工业水污染物排放标准点击下载
  如需详细了解制药行业废水处理工艺，可见：制药废水处理